Binder fez a melhor volta em 1.43,436 minutos, deixando na segunda posição o espanhol Marc Márquez (Ducati), a 0,033 segundos, com o também espanhol Jorge Martín (Ducati) em terceiro, a 0,132.
A sessão ficou marcada pela queda do italiano Enea Bastianini (Ducati), ainda que sem consequências físicas para o piloto.
Esta foi uma das raras sessões cronometradas em que uma KTM ficou arredada do lugar cimeiro. Tal ainda só tinha acontecido no GP da Catalunha, com o espanhol Aleix Espargarò (Aprilia).
Na luta pelo título, Jorge Martín mostrou mais argumentos na pista nipónica do que o seu principal adversário, o italiano Francesco Bagnaia (Ducati), que foi apenas sétimo classificado, a 0,318 segundos.
Os pilotos optaram por colocar logo os pneus macios no início da sessão, devido ao receio de que a chuva pudesse vir a alterar as condições da pista.
Jorge Martín chega a esta ronda na liderança do campeonato, com 366 pontos, mais 21 do que 'Pecco' Bagnaia, que é segundo.
Miguel Oliveira, ausente desta ronda devido à fratura do pulso direito contraída na ronda anterior, na Indonésia, é o 14.º, com 71 pontos.
No sábado, disputa-se a terceira sessão de treinos livres, seguindo-se as duas fases da qualificação (Q1 e Q2) e a corrida sprint.
Para domingo está prevista a corrida principal do GP do Japão, em Motegi.